[주    문]

  1. OOO이 2012.6.13. 청구법인에게 한 2007년 제1기부터2011년 제1기까지의 부가가치세 합계 OOO의 각 부과처분은 청구법인이 2007년 제1기부터 2011년 제1기까지 토사운반과 관련하여 OOO 외 17개 업체로부터 수취한 공급가액 OOO의 세금계산서(<표1>) 관련 매입세액을 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

  2. OOO이 2012.6.13. 청구법인에게 한 2007 2011사업연도 법인세 합계 OOO의 각 부과처분은 위 세금계산서(공급가액 OOO)와 관련한 지출증빙미수취가산세를 제외하여 그 세액을 경정한다.

  3. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이    유]

1.  처분개요

 가. 청구법인은 건설·소각대상·매립대상 폐기물의 수집·운반 및 중간처리업 등을 영위하여 온 코스닥 상장기업으로서, 2007년 제1기부터 2011년 제1기까지 아래 <표1>과 같이 토사운반과 관련하여 OOO 외 17개 업체로부터 공급가액 OOO의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였고,

  아래 <표2>와 같이 거산기계 외 5개 업체로부터 외주비 등의 명목으로 공급가액 OOO의 매입세금계산서(이하 “쟁점외세금계산서”라 한다)를 수취하여 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하고, 쟁점세금계산서 및 쟁점외세금계산서 공급가액 상당액을 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다.

<표1> 쟁점세금계산서 내역(OOO 외 17개 업체)

OOO

<표2> 쟁점외세금계산서 내역(거산기계 외 5개 업체)

OOO

 나. 처분청은 청구법인에 대한 조사를 거쳐 쟁점세금계산서(토사반출거래를 한 실제 공급자가 OOO임에도 용역을 제공하지 아니한 자료상 업체인 OOO 외 17개 업체로부터 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당) 및 쟁점외세금계산서(허위의 외주용역비, 건물·기계 구입 관련하여 수취한 거짓 세금계산서 해당)와 관련된 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정하고,

  법인세 경정시 쟁점외세금계산서와 관련하여 손금산입한 공급가액 상당액의 손금불산입, 청구법인의 공동대표이사 오OOO이 2008.4.1. 횡령한 OOO(이하 “쟁점횡령액”이라 한다)의 2008사업연도 익금산입(이를 오OOO에 대한 상여로 소득처분하여 2012.6.1. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다), 쟁점세금계산서 및 쟁점외세금계산서와 관련한 지출증빙미수취가산세의 가산, 그리고 그 밖에 조사된 경정사항을 반영하여, 2012.6.13. 청구법인에게 아래 <표3>과 같이 2007년 제1기부터 2011년 제1기까지의 부가가치세 합계 OOO, 2007 2011사업연도 법인세 합계 OOO을 각 경정·고지하였다. 한편, 청구법인과 당시 공동대표이사 오OOO을 「조세범처벌법」에 따라 고발하였다.

<표3> 과세처분 내역

OOO

 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구법인 주장

  (1) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 것으로 볼 경우 청구법인은 다음과 같이 쟁점세금계산서 발급명의자인 OOO 외 17개 업체가 실제 운송용역 제공자가 아니라는 사실을 알지 못했고 알 수도 없어 선의의 거래당사자에 해당하므로 관련 과세처분은 부당하다.

   (가) 청구법인은 토사운반과 관련한 화물차량의 운용에 대해서 OOO에 일임하였는데, OOO은 보유 차량이 5대 미만에 불과한 영세한 사업자로, 자신의 차량만으로 청구법인의 토사운반용역을 수행할 수 없어, “운반과 관련하여 외부의 차량을 이용할 수 있으며 모든 제반 사항은 OOO과 동일한 조건을 부여받고, 이 경우 이에 대한 대가는 청구법인이 외부차량에게 직접 지급함을 원칙으로 한다”는 아래의 용역계약서에 따라 자신이 지입하고 있는 OOO(주)에 차량수배를 의뢰하여 OOO(주)가 모집한 차량을 작업에 투입시켜 왔고, OOO의 자기차량에 의한 용역수행분에 대하여는 OOO으로부터, 지입회사인 OOO(주)가 모집한 차량의 용역수행분에 대하여는 18개 업체의 명의로 매입세금계산서를 받았는바, 이 중 OOO이 지입회사인 OOO(주)에 차량수배를 의뢰하여 OOO(주)가 모집한 차량의 용역수행분은 화물 운송의 중개, 즉 주선의 실질을 가진다 할 것이므로, 이 경우 운송용역에 대한 세금계산서 발급은 실제운송업자를 발행명의자로 하여 발행행위 자체는 운송주선사업자가 하여야 한다는 부가가치세법 통칙 16-58-6에 비추어볼 때, 실제로 운송용역을 제공하지 아니하고 단순히 중개의 역할만을 한 OOO으로부터 세금계산서를 수취할 수는 없는 것이므로, 청구법인을 선의의 거래당사자로 보지 아니한 처분은 부당하다.

OOO

   (나) 화물운송주선에 있어 실제용역제공자와 세금계산서상의 명의자가 OOO에 대한 진실한 사정은 운송업자를 모집·주선하는 화물주선업자인 OOO만이 파악할 수 있는 부분이므로, 청구법인으로서는 세금계산서상의 명의자가 청구법인이 용역을 제공받을 당시 운반차량인 실제 용역제공자에게 표식으로 발부한 송장을 소지하고 있음을 근거로 쟁점세금계산서의 명의자가 실제용역제공자임을 믿고 관련 대금을 지급하면서 세금계산서를 수취하였으므로 청구법인은 모든 주의의무를 다한 것으로 보아야 한다.

   (다) 이 건과 관련하여 처분청이 청구법인 등을 고발하였으나, 검찰은 “청구법인이 위 토사운반용역을 실제 제공한 트럭이 세금계산서 발행업체에 소속되지 않았음을 알면서 세금계산서를 수취하였다고 인정할 증거가 없다”면서 불기소처분(OOO 2012형제14256, 2012.12.21.)하였는바, 이는 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 선의로 거래하였다는 사실을 뒷받침한다.

  검찰은 ① “청구법인측에서 세금계산서상 업체가 트럭의 소속업체가 아니라는 사실을 모를 수 있다”는 OOO 운영자 이OOO의 진술과 ② 실제 현장 운영 시 OOO에서는 차량번호만을 청구법인에게 알려주었으며, 토사운반시 운전자가 작성하여 제출하는 운송송장에는 현장명, 수량, 차량번호만 기재하며 단지 OOO 측에서 제공된 차량임을 확인하도록 현장명 옆에 (OOO)이라고 부기할 뿐 달리 그 차량 소속업체를 기재하지 않은 점, ③ 청구법인은 토사 운반량에 맞게 지출결의를 하고 세금계산서 발행 업체 명의대로 입금하고 있는 점, 그리고 ④ 달리 청구법인이 취득하는 이익이 없는 점 등을 그 이유로 불기소 처분하였다.

   (라) 쟁점세금계산서와 관련된 토사 운반시 차량운전자가 작성하여 청구법인에게 교부하는 운송송장에는 “현장명”, “수량”, “차량번호”만 기재되고, 송장에 단지 OOO 측에서 제공된 차량임을 확인하도록 현장명 옆에 “OOO”이라고 부기할 뿐 달리 그 차량 소속업체를 기재하지 않았는바, 청구법인으로서는 해당 차량번호와 그 차량이 OOO의 주선에 의해 토사운반용역을 제공하러 온 사실만을 알게 되고 이후 대금 청구시 송장과 함께 제출한 세금계산서의 기재내용에 의해  발행업체명을 알게 되었는바, 송장은 용역제공 당시 발부된 것이어서 송장을 소지하여 실제용역의 제공자라고 믿어지는 자가 자신의 명의로 세금계산서를 발행한 것이므로 결국 청구법인으로서는 실제용역제공자로부터 세금계산서를 수취하고 있다고 믿게 된 것이다.

   (마) 공사현장에는 폐기물 반입차량, 토사운반차량 등 수많은 차량이 드나들어 하루 작업량이 차량 70대∼80대로 총 운송회수가 700회∼800회에 달하는 상황에서, 반출입시마다 실제 작업차량의 사업자등록번호를 살펴 실제작업자가 사전에 사업자등록번호를 제시한 세금계산서 발행자와 OOO를 모두 검토하는 것은 물리적으로 불가능하였고, 실제 운반용역을 제공한 대부분의 사업자는 차량을 한 대 보유한 영세한 개인사업자들로서 각각 매입세금계산서를 일일이 발행하는데 어려움이 있으며, 세금계산서의 미발행사유로 운반용역 대금의 송금을 지연하게 되면 이후 차량수배 등에 어려움을 겪게 되어, 용역을 실제로 제공한 차량이 아닌 위 18개 업체의 명의로 세금계산서가 발행되었고 청구법인은 이 사실을 이 번 조사로 인해 알게 되었다.

   (바) 청구법인은 사업자등록, 납세완납증명원, 거래사실확인원, 사업자 명의의 예금통장 등을 제출받아 OOO이 주선한 각각의 운반업체들이 정상적인 영업행위를 하는 업체인지 사전에 확인하였다.

   (사) OOO이 여러 운송업자들의 몫까지 전부 취합하여 대금을 청구하였고, 청구법인은 세금계산서 발행 업체 명의의 계좌로 매입대금을 입금하였으며, 이는 검찰의 불기소처분의 근거가 되었다.

   (아) 청구법인은 이득 없이(불기소처분결정서) 매입세액 불공제, 가산세 등 막대한 위험과 코스닥상장 회사로서 신인도 하락 등의 불이익만을 감수하면서 사실과 다른 세금계산서를 수취할 이유가 없다.

   (자) 이번 거래로 인한 손실과 관련하여 OOO에 대해 법적인 대처를 강구하고 있고, 위장거래 사실을 알고 나서 실질 공급자에 대하여 개별적 검증을 통해 세금계산서를 발행하고자 노력하였으나, 실사업자 확인이 불가능하여 OOO에 대한 일괄세금계산서를 교부하는 형태로 세금계산서 수수방법을 변경하는 등 올바른 처리를 위한 모든 노력을 다하고 있다.

   (차) OOO 실사업자 이OOO은 “본인의 업체가 운송주선을 한 부분도 각각의 수많은 차량들이 OOO(주)에 지입관계에 있는 어느 회사 소속의 차량인지 당일당일 확인할 방법이 없다”, “OOO이 주선하는 경우 실제로 OOO에서 남는 이익이 없기 때문에 실제 운송한 트럭의 소속업체로 직접 돈을 송금해 주라고 하면서 세금계산서를 받아서 발주업체에 주는 경우도 있으므로 청구법인측에서 세금계산서상 업체가 트럭의 소속업체가 아니라는 사실을 모를 수 있다”고 검찰 조사시 진술하였고, 청구법인의 재무회계팀 부장 김OOO도 경찰 조사시 “상대방 청구 서류와 회사 보관 서류가 일치하여 사실거래로 알고 있었고, 서류상 확인하여 맞다고 판단되면 거래처에 운반비를 결제해 주었는데, 운반차량이 너무 많아 그 차주들이 운행한 것을 차량별로 일일이 확인하는 것은 현실적으로 무리였다”고 진술하였으며, 청구법인의 배차팀 직원(김OOO)의 진술내용도, 이들이 신규입사 후 배차팀에서 일한 지 1년 정도밖에 되지 아니하여 송장과 청구관련 서류를 통한 형식적 판단만을 할 수 있었을 뿐 실질 판단 권한 및 능력은 없었던 단순 직원이었기 때문에, OOO이 실제운송업자의 명의로 주선업자가 발행을 할 수 있었던 이유가 OOO과 달리 수집운반 허가증을 교부받아야 하는 건설폐기물의 반입운반을 함께 하고 있어 개별적인 관리가 가능하다는 이유로 당해 업체 명의로만 세금계산서를 발행하는 OOO 등 다른 업체와는 차별성을 갖기 때문이라는 사실을 간과한 대답일 뿐 아니라, 조사공무원이 “OOO과 토사운반운송계약을 하였다면 OOO을 공급자로 한 세금계산서를 수취하여야지 다른 업체로부터 세금계산서를 수취하는 것은 이상하지 않느냐”라는 질문을 함으로써 “그건 좀 이상하다고 생각한다” 형태의 대답을 유도한 것이라는 점에 비추어, 이 또한 청구법인의 선의거래 사실을 배척할만한 근거가 되지 못한다.

   (카) 처분청은 청구법인이 자료상 등 9개 업체의 차량(세금계산서 교부업체)과 실제주유차량(관계사 OOO로부터 수보한 외상유류대 내역) 및 OOO 청구서상 차량(운반증 첨부업체)이 서로 상이함을 알고 있음에도 위 9개 업체로부터 세금계산서를 수취하고 유류대를 정산한 후 용역대금을 계좌이체 하였다고 주장하나, 청구법인은 차량 넘버들에 대해서는 관리하는 게 없으며(배차상황팀 직원인 김OOO의 전말서), OOO(주)는 외상으로 주유한 차량에 대한 거래명세서를 OOO에게 건네주고 OOO은 이를 받아 각 18개 업체의 청구금액에서 공제를 하는 정산과정을 거쳐서 제반 자료 없이 확정된 공제 전 청구금액 및 공제액 그리고 최종적인 청구금액만을 청구법인에 제시하기 때문에, 청구법인으로서는 실제주유차량 및 OOO 청구서상의 차량이 서로 상이하다는 사실을 알 수가 없다.

   나아가 어떠한 운반차량이 A중기와 B중기의 두 곳의 세금계산서 발행업체에 소속되어 있었다 할지라도 이는 위 차량이 청구기간 내에 A중기가 의뢰받은 현장에 투입되어 일정기간 작업하고 나머지 일정기간 B중기가 의뢰받은 현장에 투입됨으로써 동일차량이 중복되는 결과가 된 것일 뿐, 그 작업 당시 차량이 당해 중기에 소속되어 있음을 부정하는 것은 아니라 할 것이므로, 이러한 것이 청구법인이 토사운반용역을 제공한 트럭이 세금계산서 발행업체에 소속되지 않았음을 알면서 세금계산서를 수취하였다는 근거가 될 수 없다. 따라서 이러한 동일 차량이 각기 다른 업체에 다른 시점에 각 소속되어 용역을 제공하였다 하여 세금계산서의 발행업체가 위 모집된 차량의 소속업체로 믿었다는 것에 어떠한 영향을 주는 것은 아니라 할 것이므로, 실제용역제공자로부터 세금계산서를 수취하고 있다는 청구법인의 인식에는 아무런 변함이 없다 할 것이다.

   (타) 청구법인과 OOO은 선별토사 반출 계약서와 선별토사 반출 약정서 외 당해 계약서를 전제로 하여 특정 소재지에서의 반출에 있어 물량 및 운반비 등의 구체적인 사항을 기재한 용역계약서를 별개로 작성하였는바, OOO이 자신이 지입하고 있는 OOO(주)에 차량수배를 의뢰하여 OOO(주)가 모집한 차량의 용역수행분에 대하여 18개 업체의 명의로 매입세금계산서를 받은 것은 “OOO은 운반과 관련하여 외부의 차량을 이용할 수 있으며 모든 제반 사항은 OOO과 동일한 조건을 부여받고(제2항 제3호), 이 경우 이에 대한 대가는 청구법인이 외부차량에게 직접 지급함을 원칙으로 한다(제5항 제2호)”는 계약서 내용에 따른 것이었는바, 이와 달리 ㈜OOO 등 다른 운반업체는 토사 뿐만 아니라 수집운반 허가증을 교부받아야 하는 건설폐기물의 반입운반을 함께 하기 때문에 외부차량을 이용할 수 있다는 별개의 계약서는 존재하지 아니하고 따라서 ㈜OOO의 명의로만 세금계산서를 교부받았던 것이다. 즉 ㈜OOO은 허가를 득한 차량으로 정기적인 운행을 하므로 개별적인 관리가 가능하였으나, OOO은 개별관리가 불가능하였기에 위와 같은 외부차량 이용 가능 조항을 두고 OOO에게 일임하였던 것이다.

   (파) OOO 외 17개 업체에 계좌이체된 금액이 부가가치세 상당액을 제외하고 실사업자인 OOO 직원 윤OOO 계좌로 대부분 당일 재출금되어 실차주 등으로 송금되었다는 것은, 사실과 다른 세금계산서라는 객관적 사실에 대한 입증자료가 될 수 있을 뿐, 이미 청구법인에서 발행업체의 명의로 송금이 이루어진 후, 즉 청구법인의 지배 영역에서 벗어난 이후의 OOO과 실제용역제공자 양자끼리의 대금 귀속에 관한 문제에 불과한 것으로서, 이러한 사실은 청구법인의 세금계산서 수취 당시의 인식에 아무런 영향을 미치지 아니한다.

  (2) 청구법인의 공동대표이사 오OOO이 2008.4.1. 횡령한 쟁점횡령액 OOO을 처분청이 2008사업연도의 익금산입에 산입하고 상여로 소득처분하여 2012.6.1. 청구법인에게 소득금액변동통지하였고, 이는 2010.2.18. 개정된 「법인세법 시행령」제106조에 의한 것인바, 개정규정은 부칙에서 시행일(2010.2.18.)이 속하는 사업연도에 익금산입하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있어, 2008.4.1. 횡령한 것으로 보아 2008사업연도의 법인세를 결정하면서 상여로 소득처분함은 소급과세에 해당하므로 취소되어야 한다(관련 경과는 아래 <표4> 참조).

<표4> 쟁점횡령액 관련 경과

 나. 처분청 의견

  (1) 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 것으로서 다음과 같이 청구법인은 계약 당시 및 용역대금 지급시점까지 OOO이 실사업자임을 알고 있으면서 OOO 외 17개 업체로부터 용역제공이 없는 사실과 다른 매입세금계산서를 수취하였으므로 선의의 거래당사자에 해당하지 아니한다.

   (가) 청구법인은 건설페기물의 수집운반 및 중간처리업 등을 영위하는 업체로 중간처리과정에서 발생하는 모래, 골재, 선별토사 등 부산물을 처리하기 위해 선별토사를 위해 반출장소를 확보해 오는 운반업자의 선정이 매우 중요한바, 쟁점세금계산서와 관련한 선별토사반출 운반용역을 OOO이 수행하였으므로 OOO 외 17개 업체로부터 수취한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

   (나) 청구법인은 OOO과 토사운반계약을 한 후 이 계약에 의거 실사업자인 OOO으로부터 토사운반용역을 제공받았으나, OOO으로부터 정당한 세금계산서를 수취하지 아니하고 OOO이 임의로 제시한 자료상인 OOO 외 17개 업체로부터 용역제공이 없는 사실과 다른 쟁점세금계산서를 수취하였다.

   (다) 청구법인은 자료상 등 9개 업체 차량(세금계산서 교부업체)과 실제주유차량(관계사 OOO(주)로부터 수보한 외상유류대 내역)및 OOO 청구서상 차량(운반증 첨부업체)이 서로 상이함을 알고 있음에도 위 9개 업체로부터 세금계산서OOO를 수취하고 유류대OOO를 정산한 후 용역대금OOO을 계좌이체하였음이 청구법인의 지출결의서 및 OOO이 제출한 청구서에 의해 확인된다.

   (라) OOO 배차팀 직원OOO도 위 18개 업체와 실제차량이 다르다는 것을 진술하였고, OOO의 실사업자 이OOO도 청구법인 배차팀에서 위 18개 업체가 OOO과 다른 회사임을 알면서도 대금을 지급하였다고 확인하였다.

   (마) OOO 외 17개 업체에 계좌이체된 금액은 부가가치세 상당액을 제외하고 실사업자인 OOO 직원 윤OOO 계좌로 대부분 당일 재출금되어 실차주 등으로 송금된 사실이 확인되었다.

  (2) 청구법인은 쟁점횡령액을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하는 것은 소급과세원칙에 위배된다고 주장하나, 오OOO에 대한 구속전 검찰 수사, 2011.2.23 횡령 및 업무상배임 혐의 등으로 구속기소, 2011.4.29 서울중앙지법 제24형사부(2011고합180, 2011.12.1.), 서울고등법원 및 2012.4.12. 대법원 쟁점횡령액 판결과 같이 이미 일련의 검찰 및 법원의 수사와 재판과정에서 사외유출된 사실이 확인되었고, 대법원 확정판결 이후인 2012.4.13. 쟁점횡령액을 회수하여 법인세 신고에 반영하였더라도 이는 경정이 있을 것을 미리 알고 있는 경우에 해당되므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁점

  ①토사운반 용역과 관련하여 수취한 공급자가 사실과 다른 쟁점세금계산서와 관련하여 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부

  ② 2008.4.1. 대표이사가 횡령한 OOO과 관련하여2010.2.8. 개정된 「법인세법 시행령」제106조를 적용하여수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이확인된 경우로 보아 상여처분함은 소급과세에 해당한다는청구주장의 당부

 나. 관련 법령 : <별지> 기재

 다. 사실관계 및 판단

  (1) 쟁점ⓛ에 대하여 본다.

   (가) 처분청이 제시한 선별토사 반출 약정서(2011.1.1. 청구법인과 OOO) 및 선별토사 반출 계약서(2011.1.1. 청구법인과 OOO)의 주요내용은 다음과 같다.

<선별토사 반출 약정서(2011.1.1. 청구법인과 OOO)>

<선별토사 반출 계약서(2011.1.1. 청구법인과 OOO)>

   (나) 쟁점세금계산서와 관련한 처분청 조사결과의 주요내용은 다음과 같다.

   1) 쟁점세금계산서의 공급주체는 위 토사운반 계약에 따라 OOO이므로, 이를 알면서도 용역을 제공하지 아니한 OOO 외 17개 업체로부터 받은 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 것이다.

   2) 청구법인은 OOO이 임의로 제시한 OOO 외 17개 업체로부터 쟁점세금계산서를 받았으나, OOO 외 17개 업체는 자료상에 해당한다.

   3) 청구법인의 직원에 대한 문답결과, 청구법인이 OOO이 아닌 OOO 외 17개 업체로부터 사실과 다른 방식을 세금계산서를 수취한 사실이 알고 있어 선의의 거래당사자에 해당하지 아니한다.

   (다) 청구법인의 재무회계팀장(회계, 세무, 자금업무 총괄) 김OOO이 세무조사를 받으면서 작성한 전말서(작성일자 2011.4.10.)의 주요내용은 다음과 같고, 김OOO은 OOO의 토사운반과 관련하여 실제 운반업체와 세금계산서 발행업체가 다른 사실을 인지하지 못하였다는 취지로 진술한 사실이 나타난다.

<청구법인 재무회계팀장 김OOO의 전말서(2011.4.10.)>

   (라) 청구법인의 재무팀 직원 김OOO가 작성한 전말서(2011.4.10.)의 주요 내용은 다음과 같다.

<청구법인 직원 김OOO의 전말서(2011.4.10.)>

   (마) 청구법인의 배차상황팀 직원 김OOO이 작성한 전말서(2011.4.10.)의주요 내용은 다음과 같다.

<김OOO(배차상황팀 직원) 전말서(2011.4.10.)>

   (바) OOO 실제 사업자 이OOO이 세무조사를 받으면서 제출한 확인서(2012.4.19.)의 내용은 다음과 같다.

   1) 브로커 대금에 관한 중개수수료는 덤프 트럭 차주에게 돈을 송금하면 차주가 브로커에게 일정 부분을 주는 것으로 알고 있고, 정확한 수수료는 모른다. 청구법인에게 세금계산서 자료상 업자들은 OOO(주)의 최OOO이 연결을 해 주었다. 박OOO의 명의 대표자로 이OOO의 처)가 윤OOO의 OOO에 돈을 송금한 것은 사업관련 운영자금을 송금해 주었고, 윤OOO가 박OOO에게 송금한 내역은 생활비 조로 넣어 준 것이다.

   2) OOO에서 청구법인 배차팀에게 토사운반 대금을 청구하면 청구법인에서는 OOO과 다른 자료상 업체들에게 지출을 해주는데 배차팀에서는 OOO과 다른 회사임을 알면서도 별 문제삼지 않았다. 차주에게 토사운반에 대한 대금을 지급할 때 기름 값을 공제하지 않고 총액을 송금했고(브로커를 통한 토사 운반) 용차 9대 및 OOO 5대는 OOO에서 주유하고 대금정산을 했다.

   OOO은 토사 운반 회사로 윤OOO가 송금해 준 것은 토사 운반 대금이다. OOO 토사관련 운반 대금으로 지급한 것이다. 인선차량 기성으로 출금된 내역은 인선 용차 차주들에게 토사운반 대금 지급한 것이고, OOO 업체는 토사 관련 대금으로 지급한 것이다. 마진은 세금계산서 공급가액의 6%인데 본인이 관리하는 용차 9대에 대해서만 마진이 있고 브로커를 통한 토사운반 대금은 마진 없이 일을 하였다.

   (사) 청구법인은 OOO의 실질 대표자 이OOO이 2012.7.9.경 작성한 사실확인서를 제출하였는바, 그 주요내용은 다음과 같다

<이OOO의 사실확인서(2012.7.9. 공증)>

   (아) 청구법인은 토사운반과 관련하여 다음과 같이 쟁점세금계산서를 수취한 OOO 외 17개 업체의 사업자등록증명 및 납세증명서 등을 제시하였는바, 이에 의하면 쟁점세금계산서를 발행한 18개 업체 모두 부가가치세를 신고하고 거래 당시에 체납한 세금이 없는 사실이 확인된다.

<OOO 외 17개 업체의 납세증명서 등>

OOO

  (자) 청구법인이 제시한 구체적인 거래과정 및 업무처리 흐름과 관련하여 청구법인이 2009.9.15. OOO로부터 수취한 세금계산서와 관련한 거래과정을 예시적으로 보면 다음과 같다.

  (차) 처분청이 쟁점세금계산서 및 쟁점외세금계산서와 관련하여 청구법인 등을 「조세범처벌법」위반혐의 등으로 고발하였고, 이에 대하여 OOO은 2012.12.31. 각 증거불충분으로 혐의가 없어 불기소처분(사건번호 2012형제14256호)하였는바, 이 중 쟁점세금계산서(피의자 오OOO)와 관련된 불기소 이유는 다음과 같다.

<쟁점세금계산서 관련 불기소 이유>

  (카) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점ⓛ에 대하여 살피건대, 「부가가치세법」제17조 제2항 제1호에서 매입처별 세금계산서합계표에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있는바, 동 규정의 ‘사실과 다르다’는 의미는 세금계산서에 기재된 필요적 기재사항의 내용이 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 말하고(대법원 96누617, 1996.12.10. 같은 뜻임), 실제의 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는, 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한, 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 하나(대법원 2002두2277, 2002.6.28. 같은 뜻임), 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지의 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없다고 할 것이므로, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지의 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단하여 볼 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한데 대하여 과실이 있다고 보아야 할 것(대법원 97누7660, 1997.9.30., 조심 2011전1946, 2012.4.23., 같은 뜻임)이다.

   처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취함에 있어 공급자가 사실과 다른 사실을 알았거나 알 수 있었으므로 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 없다는 의견이나, 청구법인이 OOO 실질 대표자 이OOO과 2008.1.2. 체결한 용역계약서 제2조 및 제5조에는 OOO이 외부차량을 이용할 수 있도록 하고 있고, 이 경우 청구법인이 외부차량에게 직접 운반비를 지급함을 원칙으로 한다는 내용이 포함되어 있으므로, OOO이 자신의 차량이 아닌 OOO(주)를 통해 수배된 다른 차량으로 토사운반용역을 수행하도록 하였다면서 그 다른 업체의 명의로 세금계산서의 수취나 운반비 대금의 직접 송금을 요구하여도 청구법인으로서는 다른 특별한 사정이 없는 한 이를 의심하기 어려웠을 것으로 보이는 점,

   청구법인은 실제로 토사를 운송한 업체를 확인하고 운송 물량에 따라 정확한 대금을 지급하기 위하여 공사현장에서 운전차량의 운전자에게 매번 운전자보관용 송장을 발급한 사실이 확인되는바, 토사를 운반하는 차량이 상당한 상황에서 이후 OOO이 운전자보관용 송장을 첨부하여 운반업체라고 지목한 OOO 등의 사업자등록과 납세증명서 등을 제시하면서 운반비 대금을 OOO 등의 업체에 지급하도록 청구한 정황이 나타나므로, 실제 운반여부를 확인하기 위해 공사현장부터 사용된 운전자보관용 송장에 근거하여 거래상대방을 확인한 청구법인이 이와 관련된 주의의무를 해태한 것으로 보기는 어려워 보이는 점(청구법인이 운전자보관용 송장에 ‘OOO’이라고만 표시하여 개별 차량이 어느 업체에 소속되었는지까지 확인하지는 아니하였으나, 운전자보관용 송장에는 차량의 등록번호가 모두 기재되어 있음에 비추어 청구법인이 자료상을 통한 변칙 거래 등의 다른 목적으로 ‘OOO’이라는 축약된 표현을 쓴 것은 아니라고 보인다),

   청구법인의 직원 김OOO이 과세처분을 뒷받침하는 취지의 진술을 한 사실이 이들이 작성한 전말서에 나타나나, 이들보다 재직기간이 긴 재무회계팀장 김OOO은 토사운반차량 및 그 소속업체를 일일이 확인하기 어려운 사정이 있어 OOO을 믿고 OOO 외 17개 업체로부터 세금계산서를 수취하였다면서 선의의 거래를 하였다고 일관되게 진술한 점, OOO의 실질 대표자 이OOO이 처분청에 제출한 2012.4.19.의 확인서는 청구법인이 쟁점세금계산서의 수취와 관련하여 주의 의무를 해태하였는지 여부를 판단하기 어려운 내용으로 되어 있으나, 이OOO이 2012.4.19. 공증받아 제시한 확인서는 자신도 OOO(주)를 통해 토사운반에 투입한 차량이 어느 업체에 속하였는지 알 수 없었고, 따라서 청구법인도 몰랐을 것이라는 내용으로 되어 있어 청구법인의 주장과 부합하는 점,

   위에서 본바와 같이 청구법인은 운반비 대금의 지급과 세금계산서 수취시 매번 OOO으로 하여금 실제 운반업체로 제시된 업체의 사업자등록증과 납세증명서 등을 제출받아 정상사업자인지 여부를 확인한 사실이 있고, 이러한 증빙에 비추어 OOO 외 17개 업체는 쟁점세금계산서와 관련한 거래에 대하여 부가가치세를 정상적으로 신고한 것으로 인정되는 점,

   청구법인은 코스닥등록기업으로서 OOO 또는 OOO 외 17개 업체와 자료상 거래를 할 뚜렷한 이유나 동기가 없어 보이고, 처분청의 고발에 따라 실시된 검찰의 수사결과 증거불충분으로 청구법인의 대표이사 등이 모두 무혐의 처분을 받은 점 등에 비추어 이러한 특수한 사정이 확인되는 OOO과의 토사운반거래와 관련하여 청구법인으로서는 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 보는 것이 타당해 보인다.

   따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서라 하여 그 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세하고, 쟁점세금계산서와 관련한 법인세(지출증빙미수취가산세)를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

  (2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인의 공동대표이사 오OOO이 2008.4.1. 횡령한 OOO과 관련하여 검찰이 2011.2.23. 횡령 및 업무상배임 혐의 등으로 오OOO을 구속기소하였고, 이후 2012.4.12. 대법원이 오OOO의 횡령을 인정하는 판결을 하자 청구법인이 그 다음 날인 2012.4.13. 쟁점횡령액을 회수하여 잡이익으로 처리한 사실이 심리자료에 의해 확인된다.

   (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법 시행령」제106조 제4항 단서는 종전에 “다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정되어 있다가, 2010.2.18. 대통령령 제22035호로 “다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.”로 개정되면서 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우 등이 신설되었는바, 동 규정의 개정취지는 종전에 기본통칙으로 운영되던 사항을 법령화하여 사외유출액을 회수하여 수정신고한 경우에도 상여 등으로 소득처분하는 사유를 명확히 하기 위한 것으로 나타나고, 청구법인의 경우 2011.2.23.경 오OOO이 구속되기 이전에 이미 수사가 개시된 쟁점횡령액의 사외유출 사실을 알고 있었음에도 2012.4.12. 대법원의 판결이 있은 다음에야 이를 익금에 반영되도록 회계처리하였으므로 이는 경정이 있을 것을 미리 알고 한 것으로 보이므로, 쟁점횡령액을 상여로 소득처분함은 부당하다는 취지의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

  (1) 부가가치세법 제17조【납부세액】 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(이하 생략)

  (2)법인세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정된 것)

  제106조【소득처분】④ 내국법인이「국세기본법」제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

   부칙 제7조 【소득처분에 관한 적용례】 제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행후 수정신고하는 분부터 적용한다.

  (3)법인세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정된 것)

  제106조【소득처분】④ 내국법인이「국세기본법」제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다.다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

   5.수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우

  부칙 제16조【사외유출된 금액의 익금산입에 관한 적용례】제106조 제4항 단서의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 익금산입하는 분부터 적용한다.