[주    문]

심판청구를 기각한다.

[이    유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2001.9.1. 주식의 포괄적 이전을 통하여 (주)OOO지주회사의 완전자회사가 된 법인으로 지주회사 설립 전에 임직원에게 부여한 주식매수선택권 및 지주회사 설립 후에 지주회사가 청구법인의 임직원에게 부여한 주식매수선택권 중 2007사업연도와 2008사업연도에 청구법인의 임직원이 행사한 주식매수선택권에 대하여 지주회사에게 그 행사비용으로 보전한 금액 OOO원(2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원으로 이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 「조세특례제한법」제15조의 부당행위계산부인 규정이 적용되는 것으로 보아 이를 손금불산입하여 법정신고기한 내에 법인세를 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2007사업연도와 2008사업연도 임직원의 주식매수선택권 행사에 따른 보전 비용은 자회사가 업무와 관련하여 지출한 인건비 성격의 비용으로 손금에 해당되며, 「법인세법」상 정당한 보상에 해당된다는 이유로 2010.11.6.과 2011.12.2. 당초 손금불산입하여 신고한 쟁점금액을 손금산입하여 법인세를 경정하여 줄 것을 청구하였고, 처분청은 2012.12.27. 청구법인의 경정청구에 대한 거부통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.3.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

   (1) 청구법인은 「조세특례제한법」제15조의 부당행위계산부인 배제 규정은 창설적 규정이 아니라 소극적 명시에 불과(대법원2010두1484, 2010.5.27. 같은 뜻)하므로 부당행위계산부인 해당 여부는 세법의 일반원칙에 의해 판단되어야 하며, 법률에 근거하여 모회사가 청구법인의 임직원에게 부여하고 부여시점에 이미 청구법인이 보상할 것을 예정하고 있었다면 부당행위계산부인 대상이 아니므로 주식매수선택권 행사비용과 관련한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다(주위적 청구).

   (2) 청구법인이 모법인에 자회사로 편입되기 이전인 상장법인 당시 부여한 주식매수선택권에 대한 보상금액(2007년 OOO원, 2008년 OOO원)은 「조세특례제한법」제15조의 규정에 의하여 부당행위계산부인 대상에 해당하지 아니한다(예비적 청구).

나. 처분청 의견

   (1) 과세특례 규정을 적용함에 있어서 금융지주회사의 자회사인 비상장법인의 종업원 등은 「조세특례제한법」제15조 제1항의 주권상장법인 및 협회등록법인의 종업원에 해당하지 아니하며, 이는 「조세특례제한법」의 특성상 세액 등이 감면되는 조세특례 적용시 엄격해석하여 적용해야 할 것이므로 소극적 명시 또는 확인적 규정으로 보아 비상장법인까지 포함하여 손금으로 인정받을 수 없는 것이며, 청구법인이 모회사인 (주)OOO지주회사에게 청구법인 임직원의 주식매수선택권 보상비용을 보전한 것은 모회사 주식을 매입하여 임직원에게 저가양도한 것과 경제적 효과가 동일한 것으로서 「법인세법」제52조에서 규정하는 부당행위계산부인 대상에 해당되는 것이며(국세청 심사법인 2009-0036, 2009.9.29.), 2009.2.4. 「법인세법 시행령」제19조 제19호의 규정이 신설됨에 따라 금융지주회사가 「증권거래법」에 따라 비상장자회사 임직원에게 부여한 주식매수선택권 행사비용을 자회사가 보전하는 경우 이를 손금으로 산입할 수 있도록 개정되었으나, 위 규정은 같은 법 시행령 부칙 제6조에 의하여 그 적용시기가 동 규정의 개정 이후 주식매수선택권 행사비용을 보전하는 경우로 이 건의 경우 이를 적용할 수 없으므로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다(주위적 청구).

   (2) 청구법인의 종업원이 (주)OOO지주회사의 자회사로 편입되기 전에 부여받은 주식매수권의 행사방법을 변경하여 행사 당시의 (주)OOO지주회사 주식의 시가를 기준으로 차액을 보상받음에 따라 얻는 이익에 대하여는 「조세특례제한법」제15조의 과세특례가 적용되지 아니하고, 주식매수선택권은 「상법」제340조의2에서 신주발행이나 자기주식을 매수할 수 있는 권리라고 정하고 있어 주식매수선택권을 부여한 주식을 권리대상 주식으로 보아야 할 것이므로 이 건과 같이 모법인의 주식을 권리대상 주식으로 부여한 경우 과세특례요건에 해당하지 아니한다(예비적 청구).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

   ①증권거래소에서 상장이 폐지되고 금융지주회사의 완전자회사로 전환한 주권상장법인인 청구법인이 2007사업연도와 2008사업연도에 임직원 주식매수선택권 행사비용으로 지주회사에게 보전한 쟁점금액을 각 사업연도 손비로 인정할 수 있는지 여부(주위적 청구)

   ② 주식매수선택권의 부여시점을 기준으로 하여 청구법인이 임직원에게 부여한 주식매수선택권행사비용에 대한 보전금액을청구법인의손비로 인정할 수 있는지 여부(예비적 청구)

나. 사실관계 및 판단

  (1) 쟁점①에 대하여 본다.

    (가) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 주식매수선택권 보상금액은 다음 표와 같고, 은행부여분의 경우 청구법인이 2004.7.2. 상장폐지됨에 따라 주식시가산정방식을 (주)OOO지주와의 주식교환비율(1 : 0.1354)을 적용하여 산정하도록 변경하였으며, 보상방식은 모두 차액보상방식이다.

OOO은「조세특례제한법」제15조의 규정에 의하여 부당행위계산부인 대상이 아니므로 동 금액을 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있으나,

    앞서 쟁점①에서 본 바와 같이 부당행위계산부인 규정은 부여시점이 아닌 행사시점으로 보아야 하는 점, 청구법인이 부여한 주식매수선택권의 경우 상장폐지와 함께 주식시가산정방식을 (주)OOO지주회사와의 주식교환비율(1 : 0.1354)을 적용하여 산정하도록 변경하여 (주)OOO지주회사 주식에 기초한 주식매수선택권으로 대체된 것으로 나타나는 점 및 위 보상금액은 주식매수선택권을 부여한 청구법인이 지급한 금액으로서「법인세법 시행령」제19조 제19호에서 규정한「상법」제542조의3에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에게 그 행사비용으로서 보전하는 금액에도 해당하지 아니하는 점(조심2011서1324, 2012.12.6. 같은 뜻) 등을 감안할 때 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.