[주    문]

OOO세무서장이 2012.3.14. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 처분청이 청구법인의 공사원가를 재조사하고 그에 따라 진행률도 재산정하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이    유]

1. 처분개요

 가. 청구법인은 1994.10.4. 설립되어 OOO동 627-4번지에서 건설업을 영위하는 법인으로 2006사업연도 수입금액을OO,OOO백만원, 공사원가를 OOO백만원으로 하여 법인세 신고를 하였다.

 나. OOO지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대해 2007~2009사업연도 법인세 조사를 하면서 2006사업연도에 대하여 조사대상 연도와 연계된 공사현장 등에 대한 작업진행률 계산 누락혐의가 있다 하여 작업진행률 계산부분에 대해 조사범위를 확대하여, 공사원가에 따른 작업진행률 계산결과 청구법인이 2006사업연도 법인세 신고시 수입금액 OOO천원을 누락(과소계상)하였다 하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2012.3.14. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 OOO원[신고불성실가산세 OOO원(부당과소신고가산세율 20% 적용) 등 포함]을 경정·고지하였다.

 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.11. 이의신청을 거쳐 2012.9.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

    2006사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 누락된 공사원가 OOO천원을 손금에 가산하고 첨부한 진행률 조정표에 의해 재경정(처분청은 OOO천원을 익금에 가산하였으나, 그 대신 OOO천원을 익금에 가산하면서 OOO천원을 손금에 가산)하며, 부당과소신고가산세는 일반과소신고가산세로 경정되어야 한다.

  (1) 조사청은 청구법인이 2006사업연도 법인세 신고시 공사수입금액을 진행기준에 따라 인식하지 아니하였다고 하여 작업진행률을 적용하여 재계산한 수입금액 누락분OOO을 익금에 산입하여 과세자료를 통보함에 따라 이 건 처분이 이루어졌고, 청구법인은 전국에 80여곳의 현장을 두고 있고 현장에서 이루어지는 공사감독이나 자금집행은 현장소장을 통해 이를 통제하고 있는바 매월 80여곳의 현장에서 발생하는 제반 현장경비에 관한 지출증빙을 일일이 검증하는 것이 사실상 불가능하여 부득이 각 현장별로 발생경비에 관한 월별 보고서(현장지출내역서)와증빙을 제출받아 이에 대한 관리자의 결재과정을 거쳐 경비를 집행하고 있다.

     조사청은 청구법인의 2006사업연도 수입금액을 경정하는 과정에서 청구법인의 공사원가집계표를 근거로 하여 청구법인의 현장별 공사원가를 계산하고 이에 따른 작업진행률을 계산하여 청구법인의 2006사업연도 수입금액 누락분OOO을 익금에 산입하고 사내유보로 처분하였는바, 조사청이 수입금액 계산의 근거로 삼은 공사원가집계표는 청구법인의 자재비와 외주비 그리고 현장지출 내역표상의 공사원가 등을 단순 집계한 것으로서, 청구법인의 경우 장부상의 공사원가에 반영되지 아니한 부외원가가 상당부분 존재하고 있고 부외원가의 존재 등에 관하여는 과세사실자문판단회의를 통해 그 실체를 인정받은바 있으며, 현장지출내역표상 확인되는 금액에 관하여 2006사업연도를 다른 사업연도와 달리 취급할 이유가 없는 등, 공사원가에서 누락된 원가 OOO천원을 손비로 추인하고(2006사업연도 총공사원가는 아래 <표1>과 같이 OOO천원임), 이를 반영한 작업진행률을 재계산하여 청구법인의 2006사업연도 법인세를 경정함이 타당하다.

OOOOOOOOOO OOOOOOOO OOOO OOO

(OO : OO)

     청구법인은 조사청의 조사를 받으면서 2006년 공사원가에 대하여도 공사원가집계표를 기초로 하여 진행률을 다시 계산한 사실이 있고 이로 인해 2006년 공사수입금액이 OOO천원 익금산입되었으며, 진행률을 계산하는 과정에서 2006년 공사원가집계표에 공사원가 중 매입세액불공제분과 본사제출 공사원가분이 누락된 사실을 확인하여 첨부한 진행률계산표에 의해 재계산하였다.

     조사청은 수익을 계산함에 있어 청구법인의 공사원가집계표를 통한 진행률 계산에 의거하여 익금산입한 사실이 있고, 2006사업연도에 대해 조사기간을 확대하여 작업진행률을 적용하여 수입금액 누락분에 대해 과세하였지만 2006사업연도 수입금액은 익금산입하고 공사원가집계표상의 공사원가는 손금산입하지 아니하여 수입과 비용의 대응이 이루어지지 않는 결과를 초래하였는바 이 건 처분은 부당하다.

  (2) 청구법인의 2006사업연도 수입금액 누락에 따른 경정에 있어 청구법인은 손익 귀속을 고의로 조정할 목적이 아니라 단순 발생한 세금계산서를 청구법인의 귀속사업연도 익금으로 계상하였던 것으로, 고의로 손익 귀속시기를 조정하여 얻게 되는 이익도 존재하지 아니하는바 관련규정의 취지상 이에 대해 부당과소신고가산세를 적용할 것이 아니라 일반과소신고가산세를 적용하여 경정하는 것이 타당하다.

 나. 처분청 의견

  (1) 청구법인은 ‘2006사업연도 현장지출 내역표’를 제출하면서 2006사업연도 법인세 신고시 손금에서 누락된 부외 공사원가OOO를 손금으로 인정해야 한다고 주장하나, 청구법인이 제출한 ‘2006년 현장지출 내역표’는 현장별로 경비를 단순 집계한 자료로 지급처·지급금액 등 지출내역을 객관적으로 확인할 수 있는 자료가 아니고 청구법인의 필요경비를 입증할 수 있는 원시장부나 증빙을 통하여 확인된 자료도 아니며, 또한 2006년 현장지출 내역표는 이 사건 조사 당시에 제출할 수 있는 서류임에도 불구하고 조사가 종결된 후에 제출된 것으로 그 진위여부도 불분명하고, 청구법인은 ‘현장지출 내역표’가 과세사실판단회의를 통해 그 진실성을 인정받았다고 주장하나과세사실판단자문위원회에서 검토·의결한 현장지출 내역표는 2007년, 2008년 및 2009년의 3개 연도이고, 2006년 현장지출 내역표는 과세사실판단자문위원회의 의결대상이 아니었다.

    따라서, 청구법인의 ‘2006년 현장지출 내역표’는 신뢰성 있는 증빙이 아니므로 청구법인이 주장하는 2006사업연도 부외원가OOO를 손금으로 인정할 수 없으며 이 건 처분은 정당하다.

  (2) 청구법인은 2006사업연도 수입금액 누락에 따른 경정은 청구법인이 고의로 손익의 귀속시기를 조정한 것이 아니므로 일반과소신고가산세를 적용하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 장기도급공사에 대하여 ‘진행기준’을 적용하여야 함에도 장기도급공사의 수입금액은 기성청구 및 확정액을 기준으로, 비용은 발생기준으로 회계처리하여 수익과 비용 대응이라는 기업회계기준에서 규정한 진행기준을 적용한 사실이 없고, 따라서 청구법인은 장기도급공사에 대하여 기업회계기준 등에 의하여 정당하게 수입금액 계상한 것으로 볼 수 없으며 「법인세법 시행령」 제118조 제4항 제4호에서 규정한 ‘손익의 귀속사업연도를 법 또는 「조세특례제한법」과 달리 적용하여 익금에 산입된 금액’에 해당하므로 처분청이 부당과소신고가산세를 적용한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁점

  (1)2006사업연도 법인세 부과처분에 대해 누락된 공사원가OOO,OOO천원을 손금에 가산하고 첨부한 진행률 조정표에의하여 소득금액을 재경정(소득금액 OOO천원 감액)하여야 한다는 청구주장의 당부

  (2) 2006사업연도 수입금액 누락에 따른 경정(수입금액 OOO천원 증액) 과세시 부당과소신고가산세가 아니라 일반과소신고가산세가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

 나. 관련법령

  (1) 법인세법 제15조(익금의 범위) ①익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

  (2) 법인세법 제19조(손금의 범위) ①손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  (3) 법인세법 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  (4) 법인세법 시행령 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

②제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설등의 계약기간(그 목적물의 건설등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설등의 경우 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다.다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

  (5) 법인세법 시행규칙 제34조(작업진행률의 계산등) ① 영 제69조제2항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율(건설외의 경우에는 이를 준용하여 계산한 비율을 말한다)을 말한다. 이 경우 총공사예정비는 영 제79조제2호에 해당하는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시에 추정한 공사원가에 당해사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

                 당해사업연도말까지 발생한 총공사비누적액

   작업진행률 = -------------------------------------------

                              총공사예정비

② 영 제69조제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 익금

  계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

2. 손금

   당해사업연도에 발생된 총비용

  (6) 법인세법 제76조(가산세) ①납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.

1.제60조의 규정에 의한 신고가 없거나 제112조의 규정에 의한 장부의 비치·기장의무를 이행하지 아니한 경우에는 납세지 관할세무서장이 결정한 산출세액(토지등양도소득에 대한 법인세액을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 100분의 20에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 7에 미달하거나 산출세액이 없는 때에는 그 수입금액의 1만분의 7에 상당하는 금액). 다만, 신고하지 아니한 소득금액이 50억원을 초과하는 경우에는 그 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 10에 미달하거나 산출세액이 없는 경우에는 그 수입금액의 1만분의 10에 상당하는 금액)으로 한다.

2.제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액

 가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 "부당과소신고금액"이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.

 나.가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

  (7) 법인세법 시행령 제118조 (과소신고금액의 계산 등) ④ 법 제76조제1항제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 부당과소신고금액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.

1. 법 제52조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

2. 법 제26조(동조제4호를 제외한다)·법 제27조 및 법 제28조제1항제1호·제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

3. 법 또는 「조세특례제한법」에 의한 준비금·충당금의 손금산입, 비과세 또는 소득공제의 적용대상이 되지 아니하는 법인이 이를 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 손금산입한도액을 초과하는 금액을 제외한다.

4. 손익의 귀속사업연도를 법 또는 「조세특례제한법」과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 기업회계기준에 의하여 정당하게 계상한 것으로서 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한다.

5. 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소계상함에 따라 익금에 산입한 금액

6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액

 다. 사실관계 및 판단

  (1) 심리자료에 의하면 청구법인에 대한 조사청의 세무조사 결과 내용 등은 아래와 같다.

     우선 조사청의 세무조사 결과 적출내용은 아래 <표2>와 같고,

OOOOOOOOOO

(OO : OOO)

     증빙없는 가공경비에 대응하여 법인통장, 노무비 대장, 현장지출내역표, 과세사실판단자문위원회 의결결과 통보에 따른 부외 공사원가를 정리하면 아래 <표3>과 같다.

OOOOOOOOOO

(OO : OOO)

     청구법인의 2007～2009사업연도에 대한 법인세 통합조사 과정에서 장부에 반영되지 않은 OOO억원(2007～2009사업연도)에 대하여 과세사실판단위원회 의결결과 내용을 보면 OOO억원은 건설현장에서 다수의 소액으로 발생하는 경비에 대해 현장소장이 영수증을 챙기지 못하였거나 영수증을 발행할 수 없는 비사업자와 거래의 금액으로 보여지며 적격증빙을 수취·보관하지 못하였으나 사회통념상 청구법인의 건설업을 영위하기 위해서는 부득이하게 지출하여야 하는 범위 내의 비용으로 보여지므로OOO억원을 손금에 산입해야 한다고 되어 있다.

  (O)OOOOO OOO OOOOO OOOOOOOO OO OOOOOOOOOOO OOO

   O O O OO OOO OO

   O) OOOO : OOOOOO OOO OOO (OO)OOOOOO OOO OO

   O)OOOOOOO : OOOOO OOO OO OOOOO OO OOOO OOO OOO O

   O) OOOOOOOO : OOOOOO OOO OOO

   O) OOOOOOOO : OOOOO, OOO, OOOOO (O OO OOO)

  (3) 청구법인이 제출한 진행율 조정 요약표는 아래 <표5> 및 <표6>과 같고, 청구법인은 아래 <표5>의 진행률계산 공사원가(실제공사원가)에는 (4가지 종류 원가 중) 매입세액불공제분과 본사지출 공사원가분이 누락되었으며 이들까지 반영하면 <표6>의 수정본 표와 같이 된다고 주장한다.

OOOOOOOOOO

     청구법인은 위 <표6>의 수정본 표와 같이 처분청이 당초 매출증가액 OOO백만원만 감안하여(소득증가액 OOO백만원) 과세하였으나, 매출증가액이 OOO백만원, 원가증가액이 OOO백만원으로 결국 2006사업연도의 소득증가액을 OOO백만원으로 하여 OOO백만원의 청구법인 소득금액에 대한 감액이 이루어져야 한다고 주장한다.

     한편 조사청 조사시에 제출하였다며 청구법인이 제시한 ‘작업진행율에 의한 장기도급공사 수입금액 검토(2006년) 표’에 의하면 청구법인의 2006년 수입금액 (순)과소계상금액이 OOO천원OOO으로 나타난다.

  (5) 살피건대, 청구법인의 소득금액을 재경정(소득금액 OOO천원 감액)하여야 한다는 청구주장에 대하여 보면[쟁점(1) 관련], 청구법인이 제시한 2006사업연도 공사원가(본사지급자재비 + 매입세액불공제분 + 현장지출내역표 + 본사지출공사원가) 중 당초 조사시 매입세액불공제분과 본사지출공사원가는 제시되지 아니하였고, 위 원가 중 2006사업연도 현장지출내역표 금액은 과세사실판단자문위원회의 검토를 거치지 아니하였지만, 당초 조사시 청구법인이 조사청에 제출한 자료[작업진행률에 의한 장기도급공사 수입금액 검토(2006년)]에 의하면 청구법인의 2006년 수입금액 (순)과소계상금액이 OOO천원으로서 처분청의 이 건 법인세 과세시 익금산입한 수입금액 누락액과 일치하는 등 청구법인이 제출한 자료를 기초로 처분청이 이 건 법인세를 과세한 것으로 보이면서도 처분청의 청구법인에 대한 소득금액 산정시 수입금액(익금)과 달리 공사원가 부분은 고려되지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 이 건 과세처분에 있어 처분청이 청구법인의 공사원가를 재조사하고 그에 따라 진행률도 재산정하여 청구법인의 소득금액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

  (7) 다음으로 일반과소신고가산세가 적용되어야 한다는 청구주장에 대하여 보면[쟁점(2) 관련], 「법인세법 시행령」 제69조는 계약기간이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(작업진행률)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다고 규정하고 있고, 기업회계기준서 제12호(건설형 공사계약)는 공사결과를 신뢰성 있게 추정할 수 있는 때에는 진행기준을 적용하여 공사수익을 인식한다고 되어 있는 등, 청구법인의 수익 등을 산출함에 있어 작업진행률을 기준으로 하여야 할 것으로 보이고 「법인세법 시행령」제118조 제4항 제4호는 손익의 귀속사업연도를「법인세법」과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액에 대해 이를 부당과소신고금액에 해당하는 것으로 규정하고 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 이 건 2006사업연도 수입금액 누락에 따른 경정 과세시 부당과소신고가산세가 아니라 일반과소신고가산세가 적용되어야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.