[주    문]

심판청구를 기각한다.

[이    유]

1. 처분개요

가. 청구인은 주식회사 OOO(2005.4.30. 폐업하였으며, 이하 “OOO”이라 한다)의 주식 100%를 소유하면서 경영을 지배하던 자로서, 2003년 제1기 ～ 2005년 제1기 부가가치세 과세기간 중 OOO인간으로부터 공급가액 OOO원(2003년 제1기 OOO원, 2003년 제2기 OOO원, 2004년 제1기 OOO원, 2004년 제2기 OOO원, 2005년 제1기 OOO원)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 매입액을 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

나. OOO세무서장은 OOO세무서장의 OOO인간에 대한 자료상조사결과에 따라 OOO을 조사하여, 쟁점세금계산서를 허위세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 부과하는 한편, 공급대가 상당액을 대표자 상여로 소득처분하고 청구인에게 소득금액 변동통지한 후 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 상여처분금액을 수입금액에 산입하여 2012.9.5. 청구인에게 종합소득세 2003년 귀속 OOO원, 2004년 귀속 OOO원, 2005년 귀속 OOO원을 경정‧고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.25. 이의신청을 거쳐 2013.3.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

   (1) 법인의 가공매입액의 귀속이 불분명하여 대표자에게 상여처분한 금액에 대하여 소득세를 부과하는 경우 종합소득세 부과제척기간은 5년을 적용하는 것이므로(대법원 2007두13772, 2010.4.29., 조심 2011서2349, 2012.8.30.), 이 건(2003년, 2004년, 2005년분) 종합소득세 부과처분은 부과제척기간 5년(2009.5.31., 2010.5.31., 2011.5.31.)이 도과하여 부적법하다.

   (2) 설령, 이 건 처분의 근거를 2011.12.31. 개정된 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호(2012.1.1. 시행)라 하더라도, 대법원은 유사 사안(대법원 2007두13772, 2010.4.29.)에서 종합소득세 부과제척기간을 5년으로 보았고, 이러한 사실을 알고 있는 처분청이 특별한 이유 없이 늦게 부과함으로써 청구인이 위 대법원 판례에 따라 5년의 부과제척기간을 적용받을 수 있는 기회를 놓치게 한 것은 신의성실의 원칙에 위배되므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

   (1) 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 부과제척기간은 2011.12.31. 법률 제11124호로 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호 후단이 신설되면서 5년에서 10년으로 연장되었고, 위 개정법률 부칙 제2조에는 제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012.1.1. 이후 최초로 「법인세법」 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다고 규정되어 있는바, OOO의 법인세 경정에 따라 청구인에게 2012.2.13. 상여처분을 하고, 소득금액변동통지를 하였으므로 위 개정된 법률규정에 의하여 부과제척기간은 10년을 적용함이 타당하다.

   (2) 신의성실의 원칙은 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 공적인 견해표시가 있고, 그 견해표시가 정당하다고 납세자가 신뢰하였으며, 그 납세자에게 귀책사유가 없어야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표시에 대한 신뢰를 기초로 세무처리를 하였으나, 과세관청이 당초의 견해표시에 반하는 적법한 행정처분을 하였을 때, 그 납세자에게 불이익이 있어야 성립하는 것으로, 이 건 부과처분은 가공매입 세금계산서 수취에 근거한 부과처분으로 납세자에게 그 귀책사유가 있는 것으로 확인되며, 세무공무원이 업무를 처리함에 있어 미래에 법률이 개정될 것을 예측하여 집행할 수 없으므로, 이 건에 대한 처리가 지연되어 개정전 법률을 적용받을 기회를 상실한 것이 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

    ① 가공매입에 대한 대표자 상여처분 및 2003년 ～ 2005년분 종합소득세 부과처분(2012.9.5.)이 부과제척기간을 도과하였는지 여부

    ② 과세관청이 지연 처리하여 부과제척기간 5년을 적용받을 기회를 상실케 한 것이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

나. 사실관계 및 판단

   (1) 쟁점①에 대하여 본다.

    (가) 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호는 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급‧공제받은 경우 부과제척기간은 10년으로 하고, 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급‧공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대한 부과제척기간도 10년으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 부칙(제11124호, 2011.12.31.) 제2조 제1항에는 제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012.1.1. 이후 최초로 「법인세법」 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다고 규정하고 있다.

    (나) 처분청이 제출한 소득금액변동통지서 등에 의하면, OOO세무서장의 OOO인간에 대한 자료상조사(2009.4.17.) 및 OOO세무서장의 OOO에 대한 조사(2011년 12월)를 실시하여 OOO이 2003년 제1기부터 2005년 제1기 부가가치세 과세기간 중 OOO인간으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 가공 세금계산서로 확인하고, 가공매입액에 대하여 법인세 부과 및 대표자 상여로 소득처분한 후, 2012.2.13. 청구인에게 소득금액 변동통지를 하였으며, 처분청은 쟁점세금계산서상 공급가액과 매입세액을 대표자에 대한 상여처분금액으로 수입금액에 산입하여 이 건 처분을 한 것으로 나타난다.

    (다) 위 사실관계 등을 종합하면, 청구인은 이 건 2003년, 2004년, 2005년분 종합소득세 부과처분(2012.9.5.)은 각 부과제척기간(만료일 2009.5.31. 2010.5.31. 2011.5.31.)이 도과하여 부적법하다고 주장하나, 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호 후단에는 사기 기타 부정한 행위로 법인세를 포탈한 경우와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세의 부과제척기간은 10년으로 한다고 명시되어 있고, 동 개정규정은 부칙 제2조 제1항에 의하여 2012.1.1. 이후 최초로 「법인세법」 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용하는 것인바, 구로세무서장이 2012.1.1. 이후인 2012.2.13. 청구인에게 한 소득금액 변동통지 및 처분청의 과세처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

   (2) 쟁점②에 대하여 본다.

    (가) 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호 및 부칙 제2조 제1항는 2012.1.1. 이후 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대하여 소득세를 부과하는 경우 그 부과제척기간은 10년으로 한다고 규정하고 있고, 「국세기본법」 제15조는 납세자가 그 의무를 이행할 때 또는 세무공무원이 직무를 수행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다고 규정하고 있다.

    (나) 청구인은 이 건의 과세근거가 2011.12.31. 개정된 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호(2012.1.1. 시행)로 보아 부과제척기간 10년을 적용한다 하더라도, 과세관청이 2012.1.1. 전에 과세하지 아니하여 부과제척기간 5년을 적용받을 기회를 박탈한 것은 「국세기본법」 제15조의 신의성실의 원칙의 위반이라는 주장이다.

    (다) 처분청이 제출한 조사종결복명서 등에 의하면, OOO세무서장은 OOO인간에 대한 거래질서 조사를 실시하여 2009.4.17. 조사종결복명서를 작성하였고, OOO세무서장은 2009.7.16. OOO세무서장으로부터 과세자료를 통보받아 2011년 12월 OOO을 조사하여 쟁점세금계산서를 가공거래로 확인하였으며, 2012.2.13. OOO의 가공매입에 대하여 법인세를 부과하고 대표자 상여로 소득처분한 후, 청구인에게 소득금액 변동통지를 하였으며, 처분청은 대표자 상여처분 금액을 수입금액에 산입하여 2012.9.5. 이 건 과세한 것으로 나타난다.

    (라) 위 사실관계 등을 종합하면, 청구인은 과세관청이 처리를 지연하여 부과제척기간 5년을 적용받을 수 없게 한 것은 「국세기본법」상 신의성실의 원칙에 위반된다는 주장이나, 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떠한 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것인바(대법원 2003.5.30. 선고 2001두4795 판결), 이 건 과세관청이 법률이 개정될 것을 예상하여 고의로 지연 처리하였다고 볼 근거가 없으며, 과세관청이 동일한 사안에 대하여 과세대상에서 제외된다는 견해를 표명한 사실도 없으므로, 이 건 처분이 「국세기본법」 제15조의 신의성실의 원칙을 위반하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.