[주    문]

심판청구를 기각한다.

[이    유]

1. 처분개요

 가. 청구인은 1997.6.27. 서울특별시 OOO(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)를 OOO트 재건축사업(관리처분계획인가일 : 2001.4.18.)으로 2005.1.28.(사용승인일) 같은 동OOO호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득하였으며, 2009.6.30. 쟁점신축주택을 OOO원에 양도한 다음 2009.8.31. 양도소득세 신고시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 해당된다고 보아 산출세액(OOO) 전부를 감면세액으로 신고하였다(농어촌 특별세 OOO).

 나.처분청은 조특법 제99조의3 소정의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어쟁점종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지 발생한 소득은 감면소득에 해당하지 아니하고 쟁점신축주택의 취득일로부터 양도일까지 발생한 소득만 감면된다고 보고, 그 감면되는 양도소득금액을 조특법 제99조의3 제2항에 의하여 준용되는 조특법 시행령 제40조 제1항에 의하여 산정한 후 과세대상소득금액에서 차감하여, 2012.3.16. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세OOO을 경정·고지하였다(농어촌특별세 환급액OOO은 충당).

 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.11. 이의신청을 거쳐 2012.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  (1) 조특법 제99조의3은신축주택을 취득하여 5년 이내 양도하는 경우 발생하는 소득 전부에 대하여 세액을 감면한다고 명확하게 규정하고 있으므로 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도하는 쟁점신축주택은 세법의 규정에 따라 산출세액 전부가 감면대상에 해당한다. 조특법 제99조의3은 위 규정에 뒤이어서 신축주택 취득일로부터5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하면서 그 차감하는 방법을 조특법 시행령 제99조3 제1항 및 제40조 제1항에 규정하고 있는 것이므로 그 계산산식은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 쟁점신축주택의 경우 적용할 여지가 없는 것이다.

      또한, 조특법 시행규칙 별지 제37호 서식의 작성요령에 의하면 신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에만 “양도  당시의 기준시가”, “취득 당시의 기준시가”, “취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가”를 기재하도록 명시하였고, 5년이 경과된 후에 양도한 경우에 대하여만 조특법 시행령 제40조 제1항 소정의 산식에 의하여 감면양도소득금액을 산정하도록 기재한 점, 국세청이 발간한 2004년 양도소득세 해석편람, 2005.1.28. 게시한 양도소득세 절세시리즈, 2009년 재산세 직무교육 교재, 2010년 양도소득세 실무해설 등에 의하면 취득 후 5년 이내에 양도한 경우 양도소득세 산출세액의 100%를 감면한다고 설명하고 있는 점, 신축주택 취득기간 경과 후에 사용승인 받은 재건축조합원에 대하여도 감면이 가능하다는 판례(대법원 2007두146, 2008.5.29.)에 따라 감면세액을 환급함에 있어 양도소득세 전액을 감면하였던 점, 국세청의 새로운 예규(재산-227, 2009.1.20.)는 법취지와 맞지도 않고 내부적으로 생산하고 외부적으로 공포도 하지 않아 사문화된 규정인 점 등을 종합하였을 때, 취득일로부터 5년 이내 양도에 대하여 양도소득세 감면을 부인하는 것은 세법 규정을 자의적으로 해석하여 납세자의 재산권을 부당히 침해하고, 과세행정의 신뢰를 상실한 처분으로 부당하다.

      설령 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용한다고 하더라도 세법에는 분모와 분자에 동일하게 ‘취득 당시의 기준시가’라고 규정하고 있고 국세청의 종전 예규(서면4팀-1262, 2005.7.21.)도 취득 당시를 신축주택 사용승인일이라고 법령을 제대로 해석하다가 특별한 법적 근거도 없이 분모의 ‘취득 당시’는 ‘종전주택 취득 당시’로, 분자의 ‘취득 당시’는 ‘신축주택의 취득 당시’로 해석을 변경하여 적용하는 것은 근거없는 확장해석 및 유추해석으로서 세법의 엄격해석원칙에도 위반되는 것이다.

  (2) 청구인은 쟁점신축주택 양도 당시 관련 예규 및 관례에 준해서 쟁점종전주택의 양도차익에 대하여도양도소득세가 감면되는 것으로 알고 성실하게 자진신고 및 납부를 하였으며, 처분청도 내부적으로 감면검토조서에서 감면대상에 적합한 것으로 결정하였으므로, 청구인은 납세의무를 성실하게 이행한 것이다. 뒤늦게 처분청이 결정내용을 번복하여 연 10.95%의 납부불성실가산세를 추징하면서 그귀책사유를 납세자에게 전가시키는 것은 부당하다. 「국세기본법」 제48조 제1항은 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 대법원 판례도 가산세는 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재라고 명시하고 있으므로 자진신고기간 내에 성실하게 납세의무를 이행한 청구인에게 납부불성실가산세라는 굴레를 지우는 것은 가혹하므로 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

  (1) 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세 감면에 있어 그 감면 대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 아니하는 것이고,  조특법 제40조 제1항에 따른 감면대상양도소득을 계산함에 있어 취득 당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 “신축주택의 취득 당시 기준시가”이고, 분모에 적용되는 기준시가는 “구주택의 취득 당시 기준시가”를 말하는 것이다(부동산거래관리과-127, 2011.02.10., 조심 2010중2935, 2011.06.30., 서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9. 등 다수 같은 뜻).

  (2)「국세기본법」제47조의4에 의거 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 납부하여야할 세액보다 적게 납부한 경우에는 납부불성실가산세를 부과하도록 규정되어 있고, 법령의 무지 또는 오인은 「국세기본법」제48조 제1항의 가산세를 부과하지 않을 정당한 사유에 해당한다고 인정할 수 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 것은 적정하다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁점

  ① 종전주택이 재건축되어 신축주택을 취득하였고 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우, 조특법 제99조의3에 의하여  양도소득세 전부가 감면된다고 볼 수 있는지 여부

  ② 납부불성실가산세 부과처분의 적법여부

 나. 관련 법령

  (1) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

  2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

  ④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

  ③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

  2. 조합원(「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는「주택법」제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

   제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

  (3) 국세기본법 제47조의4【납부불성실ㆍ환급불성실가산세】① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 「인지세법」 제8조 제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

 1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

 2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

   제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

 다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구인은 1997.6.27. 쟁점종전주택을 취득하여 보유하다가 쟁점종전주택에 대한 재건축사업으로2005.1.28.쟁점신축주택을 취득하였으며, 2009.6.30. 쟁점신축주택을 양도한 후 조특법 제99조의3 제1항의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 해당된다고 보고 산출세액 전부를 감면세액으로 신고한 사실이 청구인의 양도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

  (2) 조특법 제99조의3 제1항 제2호, 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 “자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 관리처분계획인가일 또는 사업계획승인일 현재의 조합원이 취득하는 주택을 포함)으로, 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함)를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.”는 취지로 규정하였고, 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 조특법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하였다.

  (3) 먼저, 재건축사업 등으로 인하여 종전에 소유하던 주택을 조합에 양도하고 조합원 주택을 취득한 뒤 그 신축주택을 양도한 경우 감면되는 양도소득의 범위에 대하여 살피건대, 앞서 언급한 조특법 제99조의3 제1항 제2호에서 재건축사업 등으로 조합원이 취득하는 신축주택의 경우도 그 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 감면대상 소득금액으로 한다고 규정하고 있으므로 종전주택의 취득일부터 재건축사업 등으로 신축된 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것(조심 2010부415,2010.9.17., 조심 2011서4975, 2012.4.9 외 다수 같은 뜻임)이어서, 쟁점종전주택 취득일로부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여도 세액을 감면해야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

  (4) 다음으로, 청구인은 쟁점종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도차익에 대하여 양도소득세가 감면되는 것으로 알고 해당 세액을 납부하지 아니한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 것이므로 납부불성실가산세 부과가 부당하다는 주장을 하고 있으나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것이며(대법원 2005두3714, 2006.10.26., 조심 2011서2, 2011.2.15., 외 다수 같은 뜻임), 특히, 납부불성실가산세는 납부기한 내 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 대한 지연이자를 징수하는 성질도 있는 것이므로, 과세관청이 일응 납세자의 신고를 용인하였다가 추후 세법에 따라 납부하여야 할 세액을 다시 계산한 결과 납부하지 아니한 세액이 확인되었다면 이에 대하여 납부불성실가산세를 부과하는 것은 세법에 따른 정당한 과세권의 행사라고 할 것이다.

      따라서 청구인이 세법에 따라 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니한 것이 사실로 확인되었고, 법령의 부지 또는 오인 등은 미납부에 대한 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 처분청의 납부불성실가산세 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.