[주    문]

OOO세무서장이 2010.12.17. 청구법인에게 한 법인세 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도 OOO, 2009.4.1.～2010.3.31.사업연도 OOO의 부과처분은

1. 처분청이 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 금액 OOO과 관련하여 동 금액 발생당시OOO 주식회사에게 재위탁 받은 기업 중연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 재조사한 뒤 이를 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이    유]

1. 처분개요

 가.청구법인은 금융업(증권업)을 영위하는 법인으로, 전산시스템(차세대시스템, 소액지급결제시스템)개발과 관련하여 OOO 주식회사(이하 “수탁법인”이라 한다)에게 개발을 위탁하고, 법인세 신고시 2008사업연도(2008.4.1.～2009.3.31.) 중 당해 개발과 관련한 비용 OOO, 2009사업연도(2009.4.1.～2010.3.31.) 중 수탁자가 제3자에게 재위탁비용을 제외한 OOO에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 신청하였다.

 나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 하드웨어 구입비용 OOO 및 2008사업연도에 수탁법인이 제3자에게 재위탁한 비용 OOO에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 비용에 해당하지 아니한다 하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2010.12.17. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO 및 2009사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  (1)조특법 관련규정을 보면, 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용은 연구 및 인력개발비세액공제를 적용받는 비용으로 규정하고 있으며, 수탁법인이 제3자에게 재위탁한 부분을 제외하도록 한 규정은 없는 점,전산개발용역을 수탁받은 업체가 제3자에게 재위탁하는 것은 IT업계의 일반적인 관행이며, 현실적으로 대규모 전산개발용역을 수행하는 경우 재위탁은 불가피한 점, 청구법인은 수탁법인이 재위탁으로 지출하는 금액을 파악하기가 불가능한 점, 기획재정부와 국세청의 다수 예규에서 재위탁비가 세액공제 대상에서 제외된다는 일체의 언급은 없었는바, 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것이 타당한 점 등을 종합하면 처분청의 과세처분은 부당하며,

    쟁점재위탁비 전체를 인정하지 않는다면, 동일한 위탁연구개발비를 지출하더라도 수탁업체가 재위탁을 한 경우 위탁업체 입장에서 수탁업체에서 기여한 위탁연구개발비 부분만 세액공제대상이 되나, 위탁업체가 전담부서를 보유한 수탁업체와 연구개발용역계약을 체결하고 동시에 제3의 수탁업체와도 연구개발용역계약을 직접 체결하는 경우 위탁업체 입장에서 전체 연구개발용역비가 세액공제대상이 되어 계약형태에 따라 납세자간 조세형평이 훼손되고, 수탁법인은 재위탁에 대하여 청구법인의 승인을 구하고 있어 청구법인과 재수탁업체와 직접적인 위탁(위임)관계가 성립하므로 재수탁업체가 전담부서를 보유하고 있는 경우 세액공제 대상이 되어야 한다.

  (2) 기 회신된 예규에서 사무용 컴퓨터를 세액공제 대상에서 배제하고 있으나, 전산시스템의 하드웨어는 개발된 소프트웨어의 결합으로서 그 기능을 발휘하는 바, 독자적으로 기능을 발휘하는 일반적인 사무용 컴퓨터와 시스템개발 하드웨어는 그 성격이 다르고, 전산시스템개발은 소프트웨어와 하드웨어가 결합함으로서 완료되는 일련의 투자로 이는 단일의 투자단위로 보아 세액공제 대상여부를 판단해야하며, 시스템개발비에서 하드웨어 취득부분을 일괄적으로 배제한다면 고가의 하드웨어를 취득한 납세자가 상대적인 불이익을 받아 과세의 형평에 어긋나는 점 등으로 보아 처분청의 과세처분은 부당하다.

  (3)청구법인이 위탁한 차세대시스템은 기존의 ERP를 전반적으로 대체하기 위한 것으로 고객계좌관리의 효율성 증가, 마감작업을 위한 처리작업(배치)시간 최소화, 전산화면 통합을 통한 업무처리 효율성 향상, 관리회계시스템의 강화 등의 효과도 있는바, 국세청 유권해석에 따르면 생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제를 적용함에 있어서 새로운 기능을 추가하여 성능을 향상시킨 새로운 전자적 기업자원관리설비(ERP)로 대체하기 위한 투자금액은 세액공제 대상에 해당하는 것(법인-942, 2009.8.27)이므로하드웨어 취득을 포함한 차세대시스템개발이 단일의 투자단위가 아니라면, 쟁점하드웨어 구입비는 연구 및 인력개발비 세액공제대상 투자와 구분되는 별도의 투자로 생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당한다.

  (4)청구법인이 세액공제를 신청하기 전까지, 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되는 위탁의 범위에 대하여 쟁점재위탁비 및 쟁점하드웨어 구입비를 제외한다는 그 어떠한 법률상 규정이 없었던 점, 과세관청이 동 세액공제와 관련하여 회신한 다수의 예규에서 이를 명확히 한 적이 없었다는 점에서 청구법인을 비롯한 다수의 납세의무자가 재위탁비 및 하드웨어 투자부분이 세액공제 대상에서 제외되는 것으로 알지 못한 것은 단순한 법률의 부지나 오해로 볼 수는 없는 것이므로 처분청의 과세처분은 부당하다.

 나. 처분청 의견

  (1) 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 국가정책적으로 특별히 지원하는 제도인바, 납세자에게 혜택을 주는 규정은 변칙거래 등을 방지하기 위하여 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석하여야하는 점, 청구법인은 전산개발용역의 경우 수탁받은 업체가 제3자에게 재위탁하는 것은 업계의 일반적인 관행이라는 주장이나, 업계에서 관행적으로 이루어지고 있다고 하여 조특법을 임의로 해석할 수는 없는 점, 청구법인은 수탁법인이 재위탁할 경우 인원에 대하여 사전승인을 받도록 통제하고 있어 수탁법인에게 재위탁에 대하여 지출하는 금액에 대하여 확인만 요청하면 파악할 수 있으며, 2009사업연도에 대한 법인세 신고시 재위탁에 상당하는 금액을 제외한 사실만으로도 수탁법인에서 쟁점재위탁비를 확인하는 것은 어려운 점이 아닌 점, 쟁점재위탁비는 세법을 납세자가 임의로 확대해석하고 있었던 부분을 명확히 예규로 해석한 것으로 납세자의 질의에 대한 과세관청의 회신 등이 불분명하거나 합리적인 근거에 입각하지 아니하여 납세자의 일정한 행위 또는 계산의 원인이 되지 아니하는 경우로서 보호할 만한 가치있는 신뢰의 대상이 없는 점,

    세법규정은 변칙거래 등을 방지하기 위하여 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석하여야 하므로 위탁업체에서 직접 위탁용역을 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였을 경우, 위탁용역을 재위탁하는 경우 전담부서 및 계약여부를 불문하고 세액공제를 받을 수 없는 것이며, 기획재정부 및 국세청 유권해석(재조특-884, 2009.9.25., 법인세과-483, 2010.5.26.)도 같은 입장인 점 등을 종합하면 처분청의 과세처분은 정당하다.

  (2) 세액공제대상 연구 및 인력개발비는 타법인의 연구전담부서 등에 기술개발용역을 위탁함으로써 발행하는 비용으로만 세법에 규정되어 있으며, 당해 위탁개발비용 중 컴퓨터 및 범용소프트웨어 구입대가는 공제대상에서 제외하도록 하는 유권해석이 있고(법규-2998, 2007.6.15. 외), 청구법인 자신도 쟁점하드웨어구입비를 고정자산의 취득 및 시설투자의 경우로 보아 개발비가 아닌 고정자산(전산장비)로 계상한 사실이 확인되는 등 위탁개발비 중 소프트웨어 및 하드웨어 구입대가를 제외한 순수 인건비 등만이 공제대상에 해당하므로 쟁점하드웨어 구입비는 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당하지 아니한다.

  (3) 쟁점하드웨어 구입비가 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제대상에 해당하는지 여부는 처분청의 처분내용과 직접적인 연관이 없는 사항으로 심판청구대상이 아니며, 청구법인이 해당세무서에 경정청구를 하여야 할 사항이므로 각하대상이다.

  (4) 청구법인은 연구 및 인력개발비 세액공제 규정의 해석이 불분명한 상황에서 납세의무를 해태하였다고 이에 대한 가산세를 부과하는 것은 부당하다는 주장이나, 쟁점재위탁비의 경우 청구법인이 엄격히 해석되어야 할 조특법을 임의로 확대해석하여 세액공제를 신청한 것이며, 쟁점하드웨어 구입비의 경우도 유권해석상 컴퓨터를 임의로 일반사무용 컴퓨터로 한정하였으므로 납세의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁점

 ① 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁법인이 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 경우, 이에 상당하는 금액을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외하여야 하는지 여부

 ②청구법인이 위탁개발한차세대시스템, 소액지급결제시스템중쟁점하드웨어 구입비가 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용 대상인지 여부

 ③ 쟁점하드웨어 구입비가생산성설비투자세액공제적용 대상인지 여부

 ④ 가산세 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부

 나. 관련법령

  (1) 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 중소기업 :다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

  가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

  나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

 2. 제1호 외의 내국인 : 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

  가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

  나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

    제24조 【생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제】① 내국인이 생산성향상을 도모하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2009년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 공정개선 및 자동화시설 중 대통령령이 정하는 시설

 2. 첨단기술설비중 대통령령이 정하는 설비

 4. 전자적 기업자원관리설비

 5. 전자상거래설비

 6. 자재조달ㆍ생산계획ㆍ재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 “공급망관리 시스템설비”라 한다)

 7. 고객자료의 통합ㆍ분석，마케팅 등 고객관계를 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 “고객관계관리 시스템설비”라 한다)

 8. 구매ㆍ주문관리ㆍ수송ㆍ생산ㆍ창고운영ㆍ재고관리ㆍ유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어，통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비

  (2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】②법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

OOO

  (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

  (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.

  (5) 국세기본법 제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

  제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

  제47조【가산세의 부과】① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다.

  제47조의5【납부ㆍ환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지세법」 제8조 제1항의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다.

    납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

  제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

 다. 사실관계 및 판단

  (1) 쟁점①(쟁점재위탁비의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 여부)에 대하여 살펴본다.

   (가)청구법인이 제시한 차세대시스템 구축 및 소액결제 관련 재위탁업체에 대한 기업부설연구소인정서 및 OOO에서 운영하는 연구소/전담부서 신고관리시스템 조회내용은 아래 <표1>, <표2>와 같다.

OOO

  (나) 처분청이 제시한 법인세 결의서, 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 내역 등에 의하면, 이 건 과세처분시 처분청이 인정한 세액공제 대상 연구 및 인력개발비 지출액은 아래 <표3>과 같다.

OOO

   (다) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 볼 것인지, 아니면 세액공제 대상에서 제외하여야 하는지에 대하여 살펴보면,

    금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 조특법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점,

     위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점,

     1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된「조세감면규제법 시행령」별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청 도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조),

     전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)하였고,「기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발 비용을 세액공제 대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조) 등을 감안할 때, 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻)으로 보이나, 쟁점재위탁비 발생당시 연구 및 인력개발비를 재위탁받은 제3자가 연구기관 또는 전담부서가 있는지 여부 및 금액이 확인되지 아니하므로 처분청으로 하여금 쟁점재위탁비 중 전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

  (2) 쟁점②(쟁점하드웨어 구입비가 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용 대상인지 여부)에대하여 살펴본다.

   (가)쟁점하드웨어 구입비와 관련하여 차세대시스템 구축을 위한 물품 공급 계약서(2008.7.30.)를 보면, 청구법인과 수탁법인은 “차세대시스템구축을 위해 물품공급내역서”에 기재된 공급물품(서버 등)을 2008.8.1.～2009.7.17. 기간 중 공급하는 내용 등으로 계약을 체결하였으며, 납품 및 설치확인서를 보면, 차세대 시스템 하드웨어 납품에 대하여 청구법인 차세대시스템TF팀에서 납품·설치를 확인한 것으로 나타나고, 소액지급결제시스템 구축을 위한 물품공급 계약서(2008.12.)를 보면, 청구법인과 수탁법인은 “소액지급결제시스템 구축을 위한 물품공급내역서”에 기재된 공급물품(서버 등)을 2008.12.20.～2009.7.17. 기간 중 공급하는 내용 등으로 계약을 체결한 것으로 나타난다.

   (나) 살피건대, 조특법제10조의 규정을 적용함에 있어서 금융보험업을 영위하는 법인이 같은 법 시행규칙 제7조 제1항에서 규정하는 연구개발전담부서를 보유한 법인에게 전산시스템 개발을 위탁하고, 당해 개발비용을 지출하는 경우에는「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항 규정의 연구 및 인력개발을 위한 지출비용으로 보는 것이나, 컴퓨터 및 범용소프트웨어 구입비용은 제외하는 것인 점(조심 2010서979, 2011.12.28., 국세청 법규-2998, 2007.6.15. 참조), 청구법인이 조사청에 제출한 연구 및 인력개발비 지출명세를 보면 계정과목이 기구비품-전산장비로 되어있는 등 청구법인 스스로 쟁점하드웨어 구입비를 고정자산의 취득 및 시설투자로 판단한 것으로 보이는 점 등을 고려하여 볼 때쟁점하드웨어 구입비가 조특법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상에 해당한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

  (3) 쟁점③(쟁점하드웨어 구입비가 생산성설비투자세액공제 적용 대상인지 여부)에 대하여 본다

   (가) 청구법인은 차세대시스템이 기존의 이알피를 전반적으로 대체하기 위한 것으로 쟁점하드웨어 구입비는 연구 및 인력개발비 세액공제대상 투자와 구분되는 별도의 투자로서 생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당한다는 주장이다.

   (나) 살피건대, 일반사무 겸용 PC 및 범용소프트웨어, 보안시스템, 인터넷서버 등은 생산성향상시설투자의 세액공제 대상인 전사적 기업자원관리설비에 포함되지 않는 것인바(재조예-862, 2004.12.28.),쟁점하드웨어 구입비와 관련하여 차세대시스템 구축을 위한 물품 공급 계약서(2008.7.30.), 소액지급결제시스템 구축을 위한 물품공급 계약서(2008.12.) 등에 나타난 공급물품은 대부분 서버 등으로 되어 있는 점, 쟁점하드웨어 구입비가조특법 제24조의 생산성향상시설투자에 대한 세액공제 대상에 해당하는 것을 확인할 수 있는 객관적인 증빙이 제시되지 아니한 점 등을 고려할 때 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

  (4) 마지막으로, 쟁점④(납부불성실가산세 부과처분이 정당한지 여부)에 대하여 본다.

   (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것이다.

   (나) 이 건은 쟁점재위탁비에 대하여 세액공제를 적용하여 납부세액을 과소하게 신고한 경우로 당초 납부한 세액을 환급받음과 동시에 환급가산금을 수령하였고, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 그 납부의무의 이행을 확보하고자 하는 목적 외에도 세법상의 신고기한까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로 청구법인이 미달납부한 세액에 대하여납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻).

4. 결론

  이 건 심판청구의 심리결과 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.